Крепость была построена в период с 1699 по 1706 год. Еникале занимала территорию площадью около 2,5 гектара и имела в плане форму неправильного пятиугольника и, следуя крутому рельефу, была расположена на нескольких уровнях. По углам находились пять полубастионов, способных выдержать длительную осаду и мощный артиллерийский огонь. Некоторые из них были далеко выдвинуты за периметр стен, от чего значительно увеличивалась площадь поражения противника и появлялась возможность флангового обстрела территории, примыкающей к стенам. Дополнительным ярусом обороны служил ров, окружавший крепость с трёх сторон, за исключением прибрежной стороны. На территории Еникале находились два пороховых склада, арсенал, жилые дома, водяной резервуар, баня и мечеть.

Летом 1771 года, в ходе Русско-турецкой войны (1768—1774 гг.), русская армия вошла в Крым, и 21 июня Еникале была без боя взята частями Русской армии. А в 1774 году по Кючук-Кайнарджийскому договору Керчь и Еникале были переданы России и образовали Керчь-Еникальское градоначальство Таврической губернии. К началу XIX века Еникале утратила военное значение, и в 1835 году на её территории разместились постройки военного госпиталя, просуществовавшего до 1880 года. После упразднения военного госпиталя крепость Ени-кале была окончательно заброшена.

Еникале в переводе с татарского языка означает «Новая крепость».