Государственные природные заповедники являются природоохранными, научно-исследовательскими и эколого-просветительскими учреждениями. Историко-культурные заповедники это — разновидность музея под открытым небом, в состав которого помимо экспозиций входят архитектурные, исторические и природные памятники.

Государственное бюджетное учреждение Республики Крым «Музей-заповедник «Судакская крепость» создан 1 августа 2014 года на базе государственного историко-архитектурного заповедника «Судакская крепость», которое было в ведение Государственного архитектурно-исторического заповедника «Софийский музей» при Академии строительства и архитектуры УССР. Сегодня Судакская крепость имеет статус памятника федерального значения.

Государственное бюджетное учреждение Республики Крым «Историко-культурный, мемориальный музей-заповедник «Киммерия М.А. Волошина» ранее назывался Коктебельский республиканский эколого-историко-культурный заповедник «Киммерия М.А. Волошина». Заповедник создан 18 октября 2000 года на базе Дома-музея М.А. Волошина в Коктебеле, Старокрымского историко-литературного музея и Дома-музея А.С. Грина в городе Старый Крым.

Государственное бюджетное учреждение Республики Крым «Восточно-Крымский историко-культурный музей-заповедник» до 2014 года назывался Керченский историко-культурный заповедник. Заповедник создан в 1987 году на базе историко-археологического музея. На балансе заповедника находится 16 памятников. Фондовые коллекции заповедника являются одними из самых многочисленных в Крыму.

Алупкинский дворцово-парковый музей-заповедник создан в 1990 году на основе бывшей усадьбы Воронцовых, в состав которых входил знаменитый дворцово-парковый ансамбль. В 1992 году Массандровский дворец получил музейный статус, стал филиалом Алупкинского государственного дворцово-паркового музея–заповедника.

Государственное бюджетное учреждение культуры Республики Крым «Крымский литературно-художественный мемориальный музей-заповедник» создан 04.08.2016 года на базе существующего Дома-музея А.П. Чехова в Ялте путем объединения его с музеем A.C. Пушкина в Гурзуфе, Дачей А.П. Чехова в Гурзуфе, отделом «Чехов и Крым» на даче Омюр.

Государственное бюджетное учреждение культуры Республики Крым «Алуштинский литературно-мемориальный музей С.Н.Сергеева-Ценского» открыт 6 мая 1962 года в доме Сергея Николаевича Сергеева-Ценского. Отделами музея являются: Музей-усадьба А.Н. Бекетова, Музей писателя И.С. Шмелёва.