В результате действия водной эрозии образовалось русло каньона, представляющее собой впадину с гладкими стенами по бортам, с нагромождениями глыб и валунов на дне, с порогами и водопадами до 3-4 метров высотой, а также с эрозионными котлами, так называемыми ваннами, глубиной до 2,5 метров шириной в оба борта, и длиной до 10 метров. Всего в каньоне насчитывается более 150 подобных котлов.

В Большом каньоне Крыма особый микроклимат, сформировавшийся благодаря его геоморфологическим особенностям и расположению. Отличительной чертой микроклимата каньона является более высокий уровень влажности и более низкий уровень температур, по сравнению с окружающей территорией. Растительность здесь развивается с опозданием на 3-4 недели, в сравнении с окружающими лесами. Но в ледниковую эпоху, хорошо изолированный каньон стал убежищем для многих теплолюбивых растений.

Наиболее посещаемыми объектами Большого каньона Крыма являются запрудное Голубое озеро, Яблоневый Брод, источник Пания и эрозионный котёл, заполненный родниковыми водами — так называемая «Ванна Молодости», водопад «Серебряные струи», Тисовый водопад.

Большой каньон Крыма расположен вдоль реки Аузун-Узень и Куру-Узень.